2025年第三季度企业所得税的申报发生了很大的变化，这里先不讲变化，但有同行发现，申报季度企业所得税时有风险提示指标推送，就是2%的减免增值税应该放入营业外收入，而不是放入主营业务收入。

问题是日常我们做账，只是将1%部分的增值税作价税分离，并没有将2%的减免增值税放入营业外收入。

那么税务系统的免征增值税账务处理是将减免的税款计入“营业外收入”或“其他收益”科目，如果我们日常处务处理也是这个口径，那么就满足了税务申报和财务报表的逻辑对应。具体处理方法如下：

1.确认收入时，先按3%计提增值税：

借：银行存款/应收账款

    贷：主营业务收入（不含税金额，按含税收入÷1.03计算）

          应交税费—应交增值税（按3%计算的税额）

2.申报时享受减征优惠，将减免的2%税款转入收益：

  借：应交税费—应交增值税

     贷：营业外收入（适用于执行《小企业会计准则》的企业）

或 贷：其他收益（适用于执行《企业会计准则》的企业）

为什么这样处理？将减免税款单独计入“营业外收入”或“其他收益”，符合会计准则对政府补助或利得的核算要求。

这种处理方式使增值税减免数据与财务报表中的“营业外收入”或“其他收益”项目自动匹配，避免因数据逻辑不一致触发税务监控风险。

虽然账务处理方式不同，但减免部分已包含在收入中并缴纳了企业所得税，不会导致税款少缴。如果我们之前直接按1%入账（未计提3%），不管如何处理，最终是不影响总税负，但导致税务数据逻辑问题。

当然如果收到风险提示，可向税务机关做个情况说明，减免部分已作为收入计税，无合规问题。

这只是从企业所得税角度分析的逻辑问题。如果按3%做价税分离，又会导致增值税的不含税收入金额与企业所得税的金额产生差异，因为我们开票时，价税分离的税率是1%，如果增值税申报表按企业所得税的收入口径填写收入，系统是不会通过的。

总结：练练个人认为，这是系统风险提示设计存在的不合理不统一的情况，应该做到增值税申报收入与企业所得税收入口径一致，与开票系统的价税分离一致。